评定众
评定众是室町幕府的一个重要职位，通常幕府的政务需要由幕府管领与评定众一同商议行政。主要由足利氏一门以及幕府重臣诸如一色氏、吉良氏、山名氏、石桥氏等组成，而其他氏族出身的人若想要出任评定众的话，就必须从引付众里提拔。不过在战国时代以后，许多评定众的重要成员都离开平安京回到了自己的领地，因此评定众也变得形同虚设了。
引付众
引付众是评定众的一个辅助机关，主要负责处理诉讼等政务。引付众将全国划分为三个区域至五个区域不等，对应的也分别有三到五组与区域并存的引付众。引付众的长官被称为“头人”，从足利氏一门以及有力大名中提拔，而“头人”下属的引付众则被称为“寄人”。有时候作为引付众“头人”的武士因故不在时，他们的家臣也会作为代理出席引付众执行政务，这时候这些人就被称为“权头人”，表示是代理头人。
政所
室町幕府的政所是幕府管领以及评定众等处理政务的地方。政所的长官被称为“政所执事”，由足利氏重臣伊势氏世袭，政所执事主要管理钱粮借贷等民事诉讼、征税等财务相关政务以及幕府将军家的家事（例如经济开支）等等。政所的副官被称为“政所执事代”，主要由斋藤氏、松田氏两家出任，主管幕府的财库以及金钱的出纳等等。在政所里，还有参加评定处理杂务的政所“寄人”，以及在政所里打杂的下人“公人”。因为政所主管幕府的财政大权，因此政所执事在室町幕府中相当地有地位，政所执事伊势氏在当时也被人称为“阴管领”，足以见得其在幕府中的地位。值得一提的是，政所还有个叫“政所代”的职役，一开始政所代只是政所执事伊势氏私设的职役，在战国时代的文明年间变为公职，由伊势氏的家臣蜷川氏世袭，第一任政所执事代就是《聪明的一休》里的那位傻大个蜷川新佑卫门亲当。
侍所
室町幕府的侍所主要负责统率武士、护卫幕府的各个行政机关、维持平安京的街市治安等等。此外，谋反、抢劫、纵火、斗殴、赌博、强奸等等也都归属侍所管辖，总体来说就是平安京的警察局。侍所的长官被称为“侍所所司”，早先由今川氏、细川氏等足利氏一门出任，后来逐渐由山名氏、赤松氏、一色氏、京极氏四家幕府重臣轮流担任，这四个家族也被称为“四职”。在室町幕府中后期，侍所所司开始兼任平安京所在的山城国守护，山城国内的公田私田、寺社、治安、行政等等也都由侍所所司掌管。与政所执事代一样，侍所所司的家臣也可以出任侍所所司代，作为所司的辅助职役。侍所的公务员被称为“检断”，这个职役相当于现在的检察官，负责维持治安，有时也会处理一些本由政所管理的一些财政相关的民事诉讼。侍所以下，还有个被称为小侍所的机关，小侍所作为侍所的辅助机构，主要负责选定宿卫幕府机关的人选等等，在战国时代以后，职权逐渐扩大到同侍所相当。
问注所
问注所一开始是负责审判领地争端以及遗失物品、赃物的诉讼，后来因为这类案件都由侍所管理，问注所逐渐变成负责记录案件以及管理证券的机构。问注所的长官被称为“问注所执事”，因为由町野氏、太田氏两家评定众兼任，因此也被称为问注所执事代、问注所代。
奈良奉行
奈良位于大和国，此地有着藤原氏的族寺兴福寺等寺院，曾经是日本的旧京。自古以来，大和国就被视为是抵抗朝廷的“圣地”，壬申之乱时，大海人皇子就逃到了大和国起兵。到了南北朝时期，后醍醐天皇也逃到了大和国建立南朝，与占据京都的“北朝”对立。正是因此，大和国对于室町幕府来说也是一个十分重要的都市，室町幕府在奈良设立了“奈良奉行”，负责维护治安以及处理诉讼。在进入战国时代以后，奈良所在的大和国逐渐落入了畠山氏与细川氏的手中，在两家衰弱以后，大和国诸寺林立，成为了三好氏、松永氏的地盘。
守护
按照律令制的规定来看，朝廷本来在各个令制国设立有国司“守”，守由朝廷指派，任期为四年，基本上我们在历史书上看到的“XX守”便是指国司的官名。不过，在这里就得提提，有一个特别容易让日本史初学者搞混的东西——在室町幕府的制度里，各国都有设立一个“守护”职役，“守护”与“守”，看似只有一字之差，实则有着天壤之别。守护最早脱胎于平安时代末期平家“总官政权”下的“追捕使”制度，在镰仓幕府时期改为“守护”，负责统率一国御家人作战等事务。然而，在镰仓幕府末期、南北朝初期，守护势力抬头，尤其是室町幕府颁布的“半济令”，让守护掌握了一国的行政、军事、经济大权，并且守护职役是可以世袭的，各国的守护俨然成为了一个个割据一方的诸侯。等到室町幕府将南北朝统一以后，才发现幕府的重臣们已经变成了少则领有半国、一国，多则领有数国的割据势力，尤其是“四职”之一的山名氏，在山名氏清时代以及山名宗全时代，领有十国左右的山名氏一族简直就是一个足以威胁幕府的超级大名。
守护代
在进入战国时代以前，室町幕府为了防止这些领有数国守护职役的大名在地方做大，因此命令大多数守护留在京都，参与幕政，称为“守护在京制”。那么，守护如果留在京都的话，地方自然不能没有人管理，于是，守护的家臣们便代替自己的主公管理起了领国，这些代理者就被称为“守护代”。诸如三管领之一的斯波氏，在越前国的守护代便是重臣甲斐氏，在尾张国的守护代便是重臣织田氏，四职之一的赤松氏在备前国的守护代是浦上氏，京极氏在出云国的守护代是尼子氏等等。不过，在应仁之乱时期，因为守护们长期领兵在京作战，使得在地的守护代势力极度膨胀，许多守护代在地方的势力都超过了守护。不过虽然战国时代被称为是一个“下克上”的时代，大家依旧是做了婊子还要立牌坊，放逐守护的例子其实并不多，更多的是守护代从守护家独立，从守护的家臣变为独立的大名。
小守护代
顾名思义，小守护代就是守护代的副官，在一些特殊情况下，守护代也会同守护一同在京，例如斯波氏的重臣织田氏与甲斐氏就经常在京奉公。于是，守护与守护代都不在领国的时候，就会从守护代的一族或者守护代的家臣中挑选一人来出任“小守护代”，作为代理人的代理人，统治领国。
守护使
当守护在京之时，有时候领国内发生大事传到了守护的耳中，或者守护代没有及时将地租与税赋上缴到京都的守护家里，在这个时候，守护就会派出使节回到领国，处理政务或者催债，这种临时的职役便是“守护使”，其实就与我们的钦差大臣有些类似。
奉公众
在室町幕府建立初期，室町幕府的军事实力是由足利氏一门以及幕府重臣们的兵力组成的，包括护卫平安京、幕府以及各个行政机关都是如此。等到京都的战事逐渐趋于平静以后，各守护在京的军队大为减少，大多回到了领国专注于经营领地了。在这样的背景之下，室町幕府急需建立起一股属于自己的军事力量，于是，在三代幕府将军足利义满时期，直属于幕府将军的军事组织“奉公众”就这样诞生了。在室町幕府时期，幕府将军的直属家臣分别有五番众、诘众、节朔众、部屋众、申次众、供众、走众等等。其中，申次众负责幕府将军与诸大名的联络，北条早云他们家就是幕府申次众出身，也正是因为这层关系，他的姐姐（旧说妹妹）才会嫁入今川家，五番众则是组成将军直辖军队的主要力量。幕府将军的直辖武装共总数约有两千余人左右，由幕府将军的直属家臣以及各地守护大名的庶流出身的武士组成，平常轮流执勤，常备维持在四、五百人左右，负责护卫将军的安全。这些直辖武装的指挥官级别的武士，便被称为“奉公众”（御番众），相当于江户幕府时期的旗本武士。在应仁之乱时期，奉公众坚定地站在了幕府将军一方，很大一部分保持事实中立，因此并没有遭受损失，直到足利义材被废时的“明应政变”导致奉公众分裂为止，都是象征幕府将军权威的武装力量。
段钱
段钱原本是修筑神社等等特殊时期征收的赋税，在室町幕府时期，段钱由各国守护负责征收，随后再上交给幕府。不过，段钱的实际征收都由守护操作，因此守护征收的钱财数量以及上缴数量究竟有没有不同，其实室町幕府并不了解。
酒屋·土仓役
按照室町幕府的规定，以卖酒的酒屋中酒壶的数量为基准，规定每家酒屋需要缴纳的赋税。但是在进入战国时代以后，室町幕府能够掌握的酒屋数目并不多，实际上有许多新建的酒屋，或者旧酒屋又新增了酒壶，并不为幕府所知，依旧是按照之前规定的数额缴纳。土仓是室町幕府时期相当于我国的当铺以及钱庄的存在，可以以物换钱或者借高利贷，室町幕府会定期对土仓征税，通常酒屋都会兼营此项业务，正是因此酒屋役与土仓役通常都被并称为“酒屋·土仓役”。在室町幕府中后期，幕府的财政缩紧，为了保护“酒屋·土仓役”的征收，室町幕府限制各国生产的酒进入京都。同时，因为一揆要求德政的缘故，室町幕府颁布的“分一德政令”，最终导致财政陷入恶性循环，酒屋·土仓役的数额急剧减少。
五山官钱
室町幕府时期，设立了五山、十刹等等官方认可的寺院，当这些寺院更换住持之时，需要室町幕府发行“住持职补任状”，才能够走马上任。当然，作为感谢，这些新上任的住持便得向幕府缴纳一些金钱作为答谢，此即五山官钱。五山管钱缴纳的数目不等，没有规定，通常只有数十贯钱到百余贯钱。
五山献物与献钱
幕府将军在出游之时，经常会拜访“五山”的寺院，有时候一天就会。在这个时候，寺院就必须向幕府将军献上一些特产以及钱粮，通常都分别是价值二、三十贯钱的不定数量的衣服、笔、纸等等物品，再加上数额不等的现钱。在室町幕府中期，有时候一年的五山献物与金钱甚至会达到八千贯，比对明的勘合贸易还要多数倍。足以见得，这些垄断技术又占有大量庄园的寺院经济实力有多雄厚了。
守护出钱
在室町幕府时期，每当将军要进行出游、举办法事或者一些公事私事但又缺钱时，会向各国守护征收临时赋税，这便是“守护出钱”。在永享三年（1431年）时，因为将军御所的搬迁，室町幕府下令征收赋税，领有一国的守护上缴二百贯钱，领有三国、四国的守护上缴一千贯钱。不过，当时像山名氏、细川氏、畠山氏、一色氏等幕府重臣为了表现忠心，都向幕府上缴了超出额度的一千五百贯，而领有一国的守护也基本上都上缴三百贯左右。
地头御家人役
作为将军的直属家臣，除了奉公众以外，其余的直属家臣若是在各地拥有四町以上的领地，按照幕府法度的规定每人需要向幕府缴纳一贯钱的赋税，这些地头们会定期将赋税上缴到守护处，由守护代为运往京都的幕府。
申次众
是负责幕府将军与各地大名之间联络的职位，相当于幕府将军的秘书，虽然职务不高，但是地位却是非常之高。
在日本战国时代大名们通常也会在领地内设置一个名为“目安箱”的东西，简单翻译的话就相当于“写给城主的信”一样，是可以直接向领主检举不法分子或者提意见的手段。