11月26日，明军先锋部队守王梦熊部三千人从繇吉贝进入镇海港成功登陆，当日既攻克荷军堡垒一座，随后即修筑石垒一座驻守，荷军不得不收缩防线。
28日，顾思忠率水师赶到镇海港与王梦熊汇合。明水陆两军于筑造石城同时发动攻击，进攻澎湖风柜尾城，逼荷兰军退守城内。
随后继续修筑攻势，等待着援军的到来。
31时，南居易率孙国祯、刘游击、洪际元、洪应斗等明军主力陆续前往澎湖。同时在妈祖宫制高点设置火炮阵地，准备为强攻作打算。
12月2日夜，朱由校到手墨终于到达了前线将领的手中。
“怎么样？南大人，陛下有什么指示？不会是催咱们赶快进攻的吧！”
“你这匹夫，怎能轻易揣测上意，诽谤陛下。”虽然在看到信里的内容之前，南居易也是这么想的，但他还是训斥了俞咨皋一一这家伙没大没小的，这也是能公开说的事情吗？
年轻的皇帝在大臣们心中是一个急燥的形象，总是小心翼翼的，好像天会踏下来一样。大明虽然已经无法掩盖它那衰落的气息，但也未透露出一丝亡国气象。
只要君主励精图治，国朝中兴有望啊。大家都觉得他太悲观了。
“放心吧！陛下对咱们的进展十分满意，告诉咱们不要急躁冒进，以稳为主，务必歼灭敌军，寿光复澎湖。”
“还有就是陛下命令我们，多派军舰去东面巡视，绝对不能放跑了荷兰人，更不能让他们登陆台湾。”
两人觉得这些命令多少有些名莫名其妙，但是现在大局已定，做这些事情并不会有什么影响，所以依然奉命行事。
调离了三十艘战舰在台湾海域巡视，并且派洪际元率兵3000离开澎湖，驻守台湾。