之后，各大都市区互相配合，所辖军队亲密无间联合作战，有组织、有目的的对异族生物和异化地球生物进行作战，一次又一次成功的粉碎了它们妄图灭亡人类的野心。
这些在战乱中成立的大都市区，成为所有地球人的希望和救赎之地，虽然数目足有一百四十多个，但人们还是习惯性的将之统称为“百城”，而在百城中拥有着最强大的经济和军事实力，有着最大名望的大都市区。则被后代成为十二主城。
就在地球人不屈抵抗的时候，外圈和内圈的人类军队开始进军，牵制住相当部分异族生物的力量，缓解了地球人的压力，让他们得到一定程度的休养生息。
就在这段漫长而黑暗的时间里，一批又一批批的科学家、医学家、军工专家等人类精英殚精竭虑而死，而他们的最终研究成果也无疑异常的辉煌。
能对异族生物造成恐怖杀伤力的武器被研制出来，在人类各个星球上大批量生产；大量军队中的精锐士兵和学过格斗术、精通搏斗的民间高手被医学家改造为超级战士，又有极个别生命强大的人类被注射基因药剂，成为最为强大的基因战士。
超级战士和基因战士或是拥有着人类不具备的强大力量，或是拥有着恐怖的速度、反应力、弹跳力等等，搭配上新式武器，战斗力比之异族生物还要强横一些。
这些精锐带领普通战士反攻异族生物，灭杀异化地球生物，连战连捷，取得了连人类自己都难以置信的战果。
很快，地球人的力量迅速强大，异族生物和异化生物（地球生物被异化后的统称）再也不能在战斗中对他们拥有碾压性的绝对优势。
距今180年的5月4日，地球人联合月球居民正式发起进攻，地月反击战打响。
经过长达十年的激战，地球联军在付出三座大都市区破损、数亿军民的伤亡的惨痛代价后，全歼地球上盘踞的异族生物，并成功击退异化生物的攻势，取得第一阶段的胜利；月球联军则是付出一千万军民伤亡、三座行星级军事要塞损毁八成以上、月球都市破灭数十座、数十座太空堡垒爆破的惨重代价，艰难的击退了自火星来袭的异族生物大军，取得第二阶段的胜利。
是役。
地球七成以上的领土和部分领海被光复，地球人重新夺回对地球的控制权。
次年。
异族生物被地球人的反击和顽抗惹怒，出动了最大规模的军队征伐地球。
而就在此时，在地球人的技术支援下，已经形成可观战力的内圈和外圈人类军队，同时有了动作。
在外圈的人类军队悍然进攻小行星带盘踞的异类生物，内圈的人类军队亦趁机出击，牵制住一部分自星空而来攻向地球的异族生物大军。
至此，自地球文明进入“黑暗纪元”以来，双方参战规模最大、伤亡最为惨烈的战略级战役爆发！
面对异族生物和异化生物的凶猛来势，人类确实不愧是能从茹毛饮血、刀耕火种一路成长为太阳系霸主的强大生物：地月联军在各大都市区人民和政府的全力支持下，顽强的顶住了异族生物正面部队的进攻，水金联军在星空与异族生物展开激烈炮决，四星联军（木星、土星、天王星、海王星）全面进攻小行星带，其中一路不计死伤的直插进攻地月防线的异族生物大军背后，建功无数。
经过长达十数年的惨烈厮杀，数万次的生死较量，占据数量优势和单兵力量优势的异族生物始终无力攻破地月防线，又被内圈和外圈的人类军队杀伤无数同胞，在付出大量的伤亡后，异族生物不得不终止对地球和月球的入侵，绝大部分势力回缩在火星和小行星带附近的广阔星域之中。
而此次大战也让三方人类势力元气大伤，军队官兵死伤惨重，无力扩大战果。
此次战役的胜利，正式宣告人类再次崛起，人类被异族生物和异化生物随意残害杀戮的时代就此过去。
其后的数十年时间里，人类和异族生物、异化生物血战连连，大小战斗不断，但双方那一边都始终无法取得预期的重大战果，均是伤亡惨重。
自此，人类一方不得不承认一个事实：
以己方目前的实力并不足以在战斗中取得较大优势！
如果要占据较大优势，甚至是干净利落的彻底灭绝对方种群，就需要己方科技、军事、经济等再一次迎来一个较大的飞跃才有可能！
于是，人类适时地停止战火，收缩防线，开始全力休养生息，发展科技。
在各星球、各大都市区直属政府的带领下，热烈而持久的建设狂潮和增产报国狂潮很快席卷所有的人类社会……
另一方面，异族生物也暂时停止了对人类领地的进攻，绝大部分的力量龟缩在领地中，缓缓恢复元气。
只有相当一部分精锐且强大的异族生物常年在星空中遨游，带领着装满异化生物的太空堡垒，死死地封锁三大人类势力之间的所有通道。
自此，太阳系内“你中有我、我中有你”的混乱却又平衡的局势正式成型。
地球和月球以及附近星域，水星和金星以及附近星域，木星、土星、天王星、海王星以及相当广袤的星域，这些地方为人类占据，而小行星带和太阳系星域的绝大部分领域，以及火星全被异族生物占领。
而各星球被异族生物影响而成的异化生物，也渐渐地在各星球扎根并兴起。
它们虽然没有异族生物凭借身躯横渡星空的能力，也没有各种各样诡异的力量，但是依旧有着凌驾于普通人类之上的强大力量，以及对环境有着恐怖的适应能力，因而成为了人类世代难以摆脱的敌人……