金刚狼被带到贼窝，在场的有真理子，银武士，毒蛇，还有一个巨大的银色武士机器人。金刚狼两只手被困住，毒蛇用诡计使金刚狼伸出爪子并将其固定。
机器武士站了起来正准备用武士刀热切掉爪子，这时真理子将固定装置破坏。金刚狼开始反击战斗，这时候雪绪赶到，与毒蛇搏斗并将其重创。
金刚狼继续与机器武士搏斗，武士将金刚狼一只手上的狼爪切了下来。金刚狼处于劣势，这时银武士良心发现，在背后偷袭了机器武士，但同时也被机器武士掐死。
金刚狼砍下了机器武士的头，并将其踹到了楼下，同时雪绪也打死了毒蛇。机器武士活了过来，一下子砍掉了金刚狼的另外三根爪。
危急关头，真理子用砍掉的爪子刺进了机器武士的身体。盔甲打开，里面的人原来是几天前就去世的矢志田，原来他想夺取金刚狼的永生能力。
矢志田没有罢休，用某种仪器吸走了艾德曼金属。而矢志田也变得年轻了。金刚狼怒了，而这时骨爪也长了出来，金刚狼刺死了矢志田，并将其推进海里。
一切结束了之后，在机场，金刚狼和真理子道别，此时真理子已经接手矢志田公司，金刚狼和雪绪上了飞机两人坐着飞机回到了美国。
金刚狼下了飞机，走到安检口时旁边塑料筐里的金属物突然动了起来，这时，一个熟悉的声音出现。是万磁王！
接着周围的一切静止，已经死去的查尔斯教授竟然坐着轮椅出现了。
原来这个时候玻利瓦尔·特拉斯克所制造并指挥的新型特种战斗机器人“哨兵”开始了对变种人的猎杀。
哨兵机器人可以检测出任何形式的变种类型，而他们的基因则能够让他们瞬间变换和改造自身，从而击败变种人。
变种人彻底陷入了劣势，经过十年的艰难抵抗。变种人最终还是失败了。
这使得变种人的唯一希望，便是回到过去，在特拉斯克的研究最终导致他们的灭绝之前，改变历史。
利用幻影猫凯蒂的能力，金刚狼罗根穿越时空开始了这个艰辛的旅程。他必须联合年轻的变种人领袖X教授，以及他一生的对手万磁王，去找到魔形女，并阻止她刺杀特拉斯克。
金刚狼穿越时空修改历史，哨兵计划取消。从这之后就形成了新的时间线。
天启出生于埃及第一王朝，是地球上最古老、最强大的变种人沙巴泊，曾拥有无数信众，但后来遭人背叛，被人活埋。
几千年后，强大无匹而且永生不朽的天启从数千年的深埋中获释，愤怒的他发现同类不再被视为神祇，他对人类世界充满厌恶，决定摧毁它重造一个新世界。
为了实现自己的野心，天启四处游走，开始搜集他的仆人——天启四骑士。因为天启的力量，暴风女、灵碟、天使、万磁王的超能力得到巨幅提升，同时他也计划将他的意识移入X教授体内，从而组建一支变种人的军队。